Мужская классическая гимназия открылась 17 апреля 1862 года в день рождения царствовавшего императора Александра II в россиевском здании, принадлежавшем прежде Министерству народного просвещения. Как только открыли – пожар. Но будущее учебное заведение мужественно спасли прораб водопроводчиков Вельберг и купеческий сын Тарасов. Первый сумел в хаосе всеобщего пожара привести к зданию пожарных, второй бросил на борьбу с огнем своих служащих. Героев лично благодарил государь. Наплыв учеников изначально был велик, конкурс значителен – это первая гимназия в Спасской части, обширном городском районе между Фонтанкой и Екатерининским (Грибоедова) каналом. В составе учеников (два приготовительных класса, восемь основных) примерно половину составляли дворяне, половину – купцы. Поначалу уроки начинались в 8 утра, но родители роптали: им приходилось отправлять мальчиков в петербургские снег и темень. Решили давать первый звонок в 9 утра. В 1860_е годы гимназия не была на хорошем счету. По словам историка, «часты были опоздания, шаловливое поведение в перемены, проявленияизлишней резвости во время игр, крики, беганье в классной и коридоре. Ссоры и драки – редки. Бывали случаи лжи, обмана, подлога в свидетельствах или записках от родителей, в представляемых работах. Исключительными проступками считались курение и присвоение чужой собственности».

В 1871 году во всех гимназиях России была проведена так называемая толстовская реформа, названная так по имени министра народного просвещения графа Дмитрия Толстого. Она была ответом власти на революционные настроения учащейся молодежи. Решено было резко усилить преподавание древних языков и математики, требовавшее от гимназистов упорного, подчас непосильного труда. Переходные экзамены из класса в класс стали необычайно суровыми. За поведением гимназистов теперь следили не только в стенах гимназии, но и дома, на улице. Такая и интеллектуальная, и буквальная муштра должны были воспитать работящих и исполнительных граждан, идеальных чиновников. Шестая гимназия, расположенная рядом с министерством, стала образцовой, именно ее копировали в столице и провинции.

Уже в 1872 году на выпускном экзамене половина гимназистов провалилась. Примерно 70 % учеников хоть раз оставались на второй год. С 1888 года введена была специальная военная гимнастика, которую преподавал гвардейский капитан, два офицера и барабанщик. Гимназию часто посещали гвардейцы, интересовавшиеся допризывной подготовкой. Каждый день ученики начинали уроки общей молитвой. Гимназия гордилась своим церковным хором. Упор делался на воспитание преданности царю и отечеству. Празднование 200!летия Петра Великого, дни воспоминаний о завоевании Сибири, годовщина Куликова поля, день рождения Екатерины Великой, Пушкина, Грибоедова, Жуковского отмечались в гимназической зале. Царил образцовый порядок, гимназия сияла чистотой. Вечерами и по воскресеньям с ленивыми и невнимательными учениками педагоги дополнительно занимались латынью и греческим. Те, кто закончил гимназию во времена Толстого, навсегда возненавидели классицизм, а часто и самодержавие. Как писал учившийся в это же время в 3!й гимназии Дмитрий Мережковский: «Нам выправку казенную дадут для русского чиновничьего строя, бумаг, служебных дел и геморроя. Так укрощали в молодых сердцах вольнолюбивых мыслей дух зловредный; Теперь уже о девственных лесах, о странствиях далеких мальчик бедный не помышлял: потухла жизнь в очах, в мундир затянут, худенький и бледный, по петербургской слякоти пешком я возвращался в наш холодный дом».

С 1890-х, после смерти Дмитрия Толстого, совместный напор родителей и либералов приводит к постепенному смягчению классицизма. Переводы с русского на древние языки заменены переводами с латыни и греческого на русский. А с 1901 года занятия древнегреческим (а этот язык значительно сложнее латинского) стали факультативными. Но именно в 6!й гимназии нашлось достаточное количество желающих добровольно заниматься языком Аристотеля. И к 1917 году эта гимназия оставалась последней по-настоящему классической на территории России. Один из ее выпускников, профессор Яков Боровский, преподававший на классическом отделении филфака всю жизнь, мечтал о восстановлении классического образования. И именно его ученики в 1989 году основали единственную в современной России Петербургскую классическую гимназию (школу № 610).В 1916 году архитектор А.Бернардацци построил новый корпус гимназии по адресу Торговый переулок, 2а.

В 1912 году 6-я гимназия стала называться Гимназией наследника Алексея Николаевича. К этому времени она выпустила 1641 человека. 163 выпускника получили золотые медали, 138 – серебряные. Среди выпускников были журналисты, дипломаты, университетские профессора, видные чиновники, врачи, композитор Николай Черепнин, адмирал Александр Колчак, поэты Александр Добролюбов, Сергей Городецкий, Василий Гиппиус.